У сторонников иноземного происхождения Нефертити есть две версии, подкрепляемые несколькими аргументами. Считается, что Нефертити — это митаннийская принцесса, присланная ко двору фараона Аменхотепа III — отца Эхнатон. У тогдашнего митаннийского царя Тушратты (ок. 1370 — ок 1350 гг. до н. э.) было 2 дочери, обе были отправлены ко двору фараона: Гилухепа (Гилухиппа) и Тадухепа (Тадухиппа). Первая прибыла в Египет ещё при жизни Аменхотепа III и отдана была замуж за него. Младшая сестра Гилухепы - Тадухепа уже в начале правления Аменхотепа IV (сменившего имя впоследствии на Эхнатон). В защиту своей гипотезы учёные приводят значение имени Нефертити - "Прекрасная пришла", явно указывающее на иноземное происхождение. Считается, что принцесса Тадухепа, прибыв в Египет, приняла новое имя, как это делали все иноземные невесты. Версия о том, что Нефертити была Гилухепа в настоящее время опровергается свидетельствами о возрасте дочери Тушратты.

Почтовая марка эмирата Фуджейра, посвящённая Нефертити

Изначально египтологи шли простой логической цепочкой. Если Нефертити - главная жена фараона, она должна быть египтянкой, более того египтянкой царских кровей. Поэтому изначально считалось, что царица - одна из дочерей Аменхотепа III. Но ни один из списков дочерей этого фараона не содержит упоминаний о царевне с таким именем. Нет среди его 6 дочерей и сестры Нефертити - принцессы Мут-ноджемет( Бенре-Мут).

Возможно, дочь одного из сподвижников Эхнатона, вельможи Эйе, впоследствии — царя, и вероятно двоюродная сестра Эхнатона.

От Эхнатона она родила шесть дочерей. Отсутствие у царицы сына — наследника царского престола, могло сказаться на ухудшении взаимоотношений внутри царской семьи, любовь которой стала одним из основных сюжетов для художников Ахетатона — столицы Эхнатона и Нефертити. Никогда еще в египетском искусстве не появлялись произведения, столь живо демонстрирующие чувства царственных супругов.

Нефертити, «красавица, прекрасная в диадеме с двумя перьями, владычица радости, полная восхвалений… преисполненная красотами» с супругом сидят с детьми; Нефертити болтает ногами, взобравшись мужу на колени и придерживая рукой маленькую дочь. На одном из рельефов, обнаруженном в Ахетатоне, запечатлен кульминационный момент этой идиллии — поцелуй Эхнатона и Нефертити. На каждой сцене обязательно присутствует Атон — солнечный диск с многочисленными руками, протягивающими царственной чете символы вечной жизни.

Нефертити играла исключительно важную роль в религиозной жизни Египта того времени, сопровождая супруга во время жертвоприношений, священнодействий и религиозных празднеств. Она была живым воплощением животворящей силы солнца, дарующей жизнь. В Гемпаатоне и Хутбенбене — больших храмах бога Атона в Фивах ей возносили молитвы; ни одно из храмовых действ не могло происходить без нее, залога плодородия и процветания всей страны. «Она проводит Атона на покой сладостным голосом и прекрасными руками с систрами, — говорится о ней в надписях гробниц вельмож-современников, — при звуке голоса ее ликуют». Стены зала возведенного Эхнатоном на 6-м году правления в своей столице для празднования церемонии Сед, были декорированы колоссальными скульптурными изображениями Нефертити, отождествленной с богиней Тефнут — дочерью Солнца, стоящей на поддержании мировой гармонии и божественного закона. В этой ипостаси Нефертити могла изображаться в качестве сфинкса, поражающей врагов Египта палицей.

На двенадцатом году правления Эхнатона умирает средняя дочь царственной четы — принцесса Макетатон, а вскоре и сама Нефертити исчезает с исторической арены, возможно, попав в опалу; ее место заняла второстепенная царица из женского дома Эхнатона — Кийа, а позже — старшая дочь Нефертити — Меритатон. К 14-му году правления супруга все упоминания о царице исчезают. Одна из статуй, обнаруженных в мастерской скульптора Тутмоса показывает Нефертити на склоне лет. Перед нами то же лицо, все еще прекрасное, но время уже наложило на него свой отпечаток, оставив следы утомленности годами, усталости, даже надломленности. Идущая царица одета в облегающее платье, с сандалиями на ногах. Утратившая свежесть молодости фигура принадлежит уже не ослепительной красавице, а матери шести дочерей, которая многое видела и испытала в своей жизни.

Погребение Нефертити не обнаружено. Возможно, она была погребена где-то в царской гробнице в скалах, обрамляющих с востока Ахетатон вместе со своим супругом. Один из археологов, ряд лет возглавлявший раскопки в Ахетатоне, пишет, что среди местных жителей существует рассказ о том, что в конце XIX века группа людей спустилась с гор, неся золотой гроб; вскоре после этого у антикваров появилось несколько золотых вещей с именем Нефертити. Проверить эти сведения не удалось.