Девятилетняя Шэрон Дасильва (Джодель Ферланд) подвержена лунатизму. Во сне её мучают кошмары, в которых она оказывается в заброшенном городе Сайлент-Хилл. Приёмная мать девочки, Роуз Дасильва (Рада Митчелл) хочет отвезти её в этот город, чтобы Шэрон могла избавиться от кошмаров. Муж Розы, Кристофер Дасильва (Шон Бин), категорически против такого решения, однако Роуз всё равно везёт Шэрон в Сайлент-Хилл. По дороге за ними пускается в погоню полицейская патрульная Сибил Бенетт (Лори Холден), подозревающая, что Роуз — очередной маньяк, везущий похищенного ребёнка в Сайлент-Хилл, чтобы убить (Беннет уже сталкивалась с подобными случаями). В итоге они оказываются в Сайлент-Хилле все вместе.

При въезде в город странная фигура появляется на дороге перед машиной Роуз; при попытке избежать столкновения та попадает в аварию. За ними врезается в ограждение и мотоцикл Беннет. Очнувшись после удара, который должен был убить обеих, Роуз обнаруживает, что её дочь исчезла. Под городом много лет бушует подземный пожар, из-за которого жители покинули Сайлент-Хилл. С неба начинает падать пепел. Дасильва принимается искать дочь и встречает Далию Гиллеспи (Дебора Ангер) — неухоженную и безумную женщину неопределенного возраста, которая тоже ищет свою пропавшую дочь.

Со временем Беннет, которая непостижимым образом тоже выжила после аварии, настигает Роуз. Сначала она по-прежнему пытается арестовать Роуз, но позже начинает ей верить, особенно после того, как они сталкиваются с какими-то невероятными существами, больше всего похожими на порождение ночного кошмара — не то демонами, не то зомби. Существа эти появляются из непроглядной тьмы, которая регулярно накрывает Сайлент-Хилл. Только чудом женщинам удается раз за разом оставаться в живых. Они следуют указаниям, которые находят в странных рисунках, похожих на рисунки Шэрон. А попытавшись вернуться за помощью, они обнаруживают, что на месте въезда в Сайлент-Хилл теперь расстилается огромная расщелина, дна которой не видно, из-за вездесущего тумана.

Затем они находят странную общину религиозных фанатиков, которые убеждены, что только непоколебимая вера способна спасти их от ужасов и гибели. Общину возглавляет Кристабелла (Элис Крайдж). Члены общины пытаются помочь Роуз найти её дочь, но постепенно Розе открывается страшная правда — именно Кристабелла виновна в участи, постигшей город много лет назад.

Алесса Гиллеспи, дочь Далии, была изнасилована уборщиком Колином в школьном туалете, куда её загнали дразнящие дети. Ко всему прочему сектанты во главе с Кристабеллой были убеждены, что девочка — ведьма. Они попытались «очистить» её огнём, но вместо этого страшно обожгли её, заодно вызвав уничтоживший город подземный пожар. Алессе было одиноко и страшно, ведь они причинили ей столько боли! «А когда тебе долго больно и страшно, то страх и боль превращаются в ненависть». Ненависть Алессы росла и росла, распаляясь изнутри. Она была настолько сильна, что навредила даже полюбопытствовавшей медсестре, наградив её слепотой и страшными ожогами на лице. Тогда-то душа девочки и раскололась на две половинки: темную (Девочку-Демона) и светлую — Шэрон (внешне — абсолютную копию Алессы; Алесса спрятала Шэрон подальше от ада, творящегося в Сайлент-Хилле в окружном приюте округа Толука). Вот почему Шэрон вспоминала Сайлент-Хилл в своих снах. Демон-Алесса преследует Кристабеллу, которая убеждена, что осталась единственной силой, способной противостоять якобы наступающему Апокалипсису.

В это время Кристофер Дасильва пытается попасть в Сайлент-Хилл, где пропали его жена и дочь. Инспектор Томас Гуччи (Ким Коатс) сначала пытается ему воспрепятствовать, но затем ведет его по городу, где нет никаких следов пропавших. Фильм довольно наглядно показывает, что Роуз и Сибил существуют в совсем другом слое реальности, чем Кристофер и Томас: поисковая группа идёт по спокойной залитой солнцем школе, а одновременно с тем Роуз и Сибил в той же школе в непроглядной тьме спасаются от жутких тварей. К тому же, Кристофер и Томас не видят при въезде в город никакой расщелины. Не найдя ответов в Сайлент-Хилле, Кристофер пытается выяснить правду, вламывается в закрытый архив, где хранятся полицейские протоколы из Сайлент-Хилла, но узнает только, что его приемная дочь невероятно похожа на Алессу Гиллеспи, которую Томас когда-то спас от смерти на раскалённых углях общины Кристабеллы, хотя Алесса навсегда осталась инвалидом. В приюте, куда подкинули много лет назад Шэрон, ему отказываются рассказать об обстоятельствах появления девочки. Томас вынуждает его вернуться домой и обещает, что для спасения его родных будет предпринято всё возможное. Видно, что Томас знает о Сайлент-Хилле гораздо больше, чем хочет рассказать (и, возможно, гораздо больше, чем ему хотелось бы знать). Кристофер вынужден подчиниться.

Кристабелла случайно видит медальон Роуз с портретом Шэрон и узнаёт в ней Алессу. Она начинает преследовать Роуз и Беннет. Беннет попадает в руки фанатиков, которые сжигают её заживо (сожжение полностью показано на экране). В это время Роуз пробивается через заселённый монстрами старый госпиталь, где, в последней комнате, она находит настоящую Алессу и её тёмную половину. Последняя рассказывает Роуз всю историю ада Сайлент-Хилла и предлагает сделку: женщина помогает Демону проникнуть в собор, где запираются на время тьмы сектанты, а Демон взамен помогает спасти Шэрон. Самостоятельно Демон не способна войти в собор — слепая вера фанатиков является для неё непреодолимым заслоном. Однако Роуз может пронести Демона в себе.

Тем временем Кристабелла готовит огненное аутодафе и для Шэрон, которую она обнаружила прячущейся у Далии. Роуз приходит в собор как раз перед сожжением дочери. Роуз, пробиваясь сквозь толпу фанатиков, пытается донести до Кристабеллы, что её Апокалипсис — выдумка, что мир продолжает существовать, и только она виновата в проклятии, постигшем Сайлент-Хилл. Кристабелла ударяет Роуз ножом. В этот момент тьма выходит из раны Роуз, и тем самым зло пробирается в собор. Появляется Алесса и темная сторона Алессы. Алесса, прикованная к кровати, убивает всех выживших горожан с помощью ожившей колючей проволоки, но не трогает свою мать Далию, Роуз и Шэрон. Роуз освобождает Шэрон, закрывает глаза и просит поступить её точно так же, но в какой-то момент Шэрон открывает глаза, и перед ней предстает темная сторона Алессы, которая вселяется в девочку.

Мать Алессы остается в городе, а Роуз и Шэрон уезжают из него домой, оставшись при этом в потустороннем мире.

В главных ролях:

Рада Митчел
Шон Бин
Лори Холден
Дебора Кара Ангер
Ким Коутс
Таня Аллен
Элис Крайдж
Джоделль Ферланд
Коллин Уильямс
Рон Гэбриел